La Chiesa di san Simone e Giuda è antichissima. Documentata già nel 1278 quando divenne parrocchiale e poi prebenda canonicale nel 1295.
Venne poi ricostruita nel 1422 e consacrata nello stesso anno.
Nel 1623 fu concessa agli Agostiniani Scalzi che erano entrati in Ferrara grazie al marchese Zavaglia.
Questi, si trasferirono poi nella vicina chiesa dei santi Giuseppe, Rita e Tecla e san Simone nel 1735 venne data all’arte dei Marangoni che nel 1760 demolì l’antico altare.
Fu concessa poi alla Confraternita dei Sacchi che le resse fino al 1796.
Fu chiusa a seguito delle soppressioni napoleoniche e nel 1809 fu acquistata da don Luigi Serravalli che ne fece dono alla confraternita che nel frattempo si era ricostituita.
Ad inizio XIX secolo fu restaurata la facciata e poi di nuovo chiusa durante la Grande Guerra per essere utilizzata come magazzino militare.
Colpita da una bomba durante il secondo conflitto mondiale, venne nuovamente restaurata e poi usata a magazzino ed infine, a tuttoggi, chiusa.

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