Chiesa parrocchiale sorta attorno all’anno mille e documentata nel 1177, fino al 1256 fu una piccola chiesa retta dal Capitolo della cattedrale e dopo questa data fu concessa ai frati eremitani di Sant’Agostino i quali avevano ceduto il loro convento ad Azzo VII per la figlia Beatrice, poi proclamata beata.
Gli eremitani si occuparono d ampliare la chiesa che, nella nuova forma fu consacrata il 13 marzo del 1438 da papa Eugenio IV.
Grazie alla protezione della casata Estense, era una delle chiese più nobili della città.
Nel 1501 fu ampliata a tre navate divise da pilastri e con nove cappelle per lato.
L’Aleotti ci costruì una cappella degna di interesse, l’anno 1627 e nel 1665 furono poi aggiunte altre due cappelle. In seguito poi alle soppressione degli ordini religiosi, nel 1796 gli Agostiniani furono cacciati via. Si continuò ad officiarla in quanto parrocchia ma parte della struttura conventuale e dei suoi chiostri furono sequestrati per essere adibiti a caserma.
Perse il titolo di parrocchiale nel 1806 e i chiostri furono demoliti ed i materiali recuperati, donati da papa Leone XII ai Gesuiti per l’erezione del loro monastero.
Da questo scempio si salvò solo la sala del refettorio in cui era conservato un affresco del Garofalo raffigurante il Vecchio ed il Nuovo Testamento, staccato poi nel 1841.
L’anno 1866 la chiesa venne chiusa, furono asportati i dipinti e destinati alla Pinacoteca Nazionale di Ferrara. Nel 1878, si costruì un muro a scarpa addosso alla facciata per evitarne il crollo. Nel 1926 prima e nel 1931 poi si rinforzò il tetto che purtroppo crollò rovinosamente nel 1938.
Il comune ne fu proprietario dal 1936. dopo una serie di demolizioni e crolli, di sant’Andrea non rimane che parte dei ruderi dei muri della navata destra.

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